Una función fundamental  del Museo, además de la exposición y conservación de las obras,  es el  estudio y difusión  del Patrimonio artístico religioso de la Diócesis. El Museo cuenta  con  un  Gabinete Pedagógico, formado por profesores de todos los niveles educativos.  Se dispone de  materiales didácticos para alumnos y profesores. Así mismo existe un equipo  interdisciplinar de profesionales  que  permite abordar grandes proyectos, como las  excavaciones en el antiguo  Monasterio de Santa María la Real de Piasca, en las ermitas del entorno del Monasterio de Santo Toribio de Liébana y  en diversas necrópolis medievales.

     Además de las funciones relacionadas con su  finalidad, nuestro Museo constituye el centro investigador y asesor del patrimonio cultural de la Diócesis de Santander, que comprende además de la provincia de Cantabria  el vecino burgalés valle de Mena.      

  Desde el  Museo se realiza el Inventario y Catalogación del patrimonio religioso diocesano. 

     El Museo promociona la difusión de este patrimonio a través de un programa  realizado en colaboración con la Consejería de Cultura: el Plan de Visitas a Monumentos Artísticos Religiosos, consistente en la apertura al público de unos 50 monumentos, con carácter gratuito, que incluye visita guiada y tríptico orientativo. También se programan  cursos de  Aproximación al Patrimonio Artístico  Religioso, dirigidos a profesores de distintos niveles educativos de toda la región. Otra actividad  es la orientación y asesoramiento técnico en la restauración de iglesias y ermitas.    

  El Museo colabora con instituciones públicas y privadas, tanto nacionales como internacionales, para la organización de exposiciones temporales con nuestros fondos.