Creado en 1967, fue el  primer museo diocesano  de España, al amparo de la normativa  del  Concilio Vaticano II.  Las normas litúrgicas de dicho concilio aconsejaban una mayor austeridad  decorativa en los templos, por lo que muchas imágenes fueron  retiradas del culto y depositadas  en el Museo, sin perder  el derecho de propiedad la parroquia de procedencia.     

Se encuentra instalado en el antiguo convento de dominicos “Regina Coeli”,  edificio construido en el siglo XVII. Se trata del primer convento de Dominicos fundado en Cantabria, bajo del patrocinio de  D. Alonso de Velarde, señor del Palacio de las Arenas de nuestra villa, en 1592. A su muerte sus hijos se desentendieron de la fundación y los dominicos recurrieron al Duque del Infantado, que  se encargó de la misma. La capilla  fue consagrada en 1648.  A los lago de la época barroca el convento gozó de gran prestigio religioso e intelectual y algunos indianos promovieron estudios de Filosofía y Artes en el siglo XVIII.  Su arquitectura es deudora de las tendencias herrerianas y clasicistas, destacando  el armónico claustro, que constituye el núcleo del Museo.   
  Las obras que contiene . procedentes de gran número de parroquias de la Diócesis de Santander, (que incluye también el burgalés valle de Mena)  reflejan las características del arte regional,  que salvo en las inicios de la Reconquista  y entre los siglos XIII al XV, -por el papel desarrollado por  nuestros puertos marítimos en el comercio castellano hacia  Europa-,  apenas tuvo relevancia  económica e histórica.